کلیسای هوانس یکی از کلیساهای ارامنه کاتولیک است و نام آن از اسم یکی از حواریون حضرت عیسی (ع) به نام «یوحنا» گرفته شده است که ارامنه به آن «هُوانس» می‌گویند.
این کلیسا در داخل شهر مراغه واقع شده و تاریخ بنای آن را قرن 5 و 6 میلادی می‌دانند. بنای اصلی کلیسا بارها بر اثر عوامل مختلف تخریب شد و بنای فعلی در سال 1840 میلادی به ابتکار سردار سامسون خان و توسط معماران روسی و فرانسوی ساخته شد. بنا به صورت مستطیل با نمای آجری ساخته شده است. ایوان آجری بنا به وسیله دو راه پله به برج ناقوس کلیسا که به صورت ستاره‌ای 16ضلعی است و 12 متر ارتفاع دارد، راه می‌یابد.
این کلیسا شامل سه بخش می‌باشد که عبارتند از محل اسکان اسقف اعظم، مدرسه و محل روشن کردن شمع و عود. برخلاف عرف رایج در کلیساسازی، این بنا دارای پلان مربع است. این کلیسا در دوران حکومت ایلخانیان از موقعیت خاصی برخوردار بوده و دارای کلیساها و صومعه‌های متعدد بود. بر اثر مهاجرت ارامنه به تهران و شهرهای دیگر این کلیسا عملاً بدون استفاده ماند و در حال حاضر سازمان میراث فرهنگی مراغه در این بنا موزه تابلوهای نقاشی دایر نموده است.